1、前言
1.1適用范圍
本指南介紹百邁客動(dòng)物類組織&核酸樣品的送樣要求及制備方法。采集送樣前請(qǐng)?jiān)敿?xì)閱讀。信息單中樣本名稱、組織部位必須與實(shí)物相符,避免因信息單與實(shí)物不符導(dǎo)致反復(fù)核對(duì),影響樣本質(zhì)量、錄入周期,導(dǎo)致提取核酸質(zhì)量不滿足建庫(kù)測(cè)序要求,實(shí)驗(yàn)周期過長(zhǎng)等
1.2聲明
對(duì)于危害程度為第一、二類的高致病性樣品,只接收提取后的核酸樣品,不接收組織樣。對(duì)于危害程度為三、四類的致病性或傳染性的組織樣,必須先通過銷售或運(yùn)營(yíng)與醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)負(fù)責(zé)人溝通,確認(rèn)無高致病和傳染性且能進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)后再安排樣品寄送。危害程度的判定標(biāo)準(zhǔn)具體參見《人間傳染的病原微生物名錄》
1.3提取風(fēng)險(xiǎn)提示
核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、樣本制備、樣本交接、提取方法與操作、以及環(huán)境等因素息息相關(guān),尤其是三代超長(zhǎng)提取對(duì)樣的要求更高。組織提取時(shí)可能受到上下游處理操作的影響,因此較難保證單次提取滿足質(zhì)量要求,望老師知悉理解,并做好組織備份。為保障獲得相對(duì)較高質(zhì)量的核酸,請(qǐng)老師務(wù)必按照以下指導(dǎo)原則準(zhǔn)備樣本。對(duì)于珍貴樣本或微量樣本,建議自行提取
2、組織送樣量要求
注意:未在表格出現(xiàn)的物種,請(qǐng)單獨(dú)溝通。送樣量結(jié)果展示為滿足提取一次的量,如樣品經(jīng)過特殊處理或樣本狀態(tài)異常有幾率影響得率,為了保證您的實(shí)驗(yàn)可以順利進(jìn)行,請(qǐng)酌情增加送樣量
2.1常規(guī)動(dòng)物類組織送樣要求
物種 | 舉例說明 | 核酸類型 | 產(chǎn)品類型 | 組織部位(g) | ||||||
心臟 | 肝臟 | 脾臟 | 腎臟 | 腦 | 肌肉 | 腸道 | ||||
常規(guī)動(dòng)物 | 哺乳動(dòng)物、禽類、爬行動(dòng)物 | DNA | 重測(cè)序 | 0.2 | 0.1 | 0.1 | 0.2 | – | 0.2 | 0.2 |
SLAF | 0.2 | 0.1 | 0.1 | 0.2 | – | 0.2 | 0.2 | |||
甲基化 | 0.2 | 0.1 | 0.1 | 0.2 | – | 0.2 | 0.2 | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | 0.5 | 0.25 | 0.25 | 0.5 | – | 0.5 | 0.5 | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | 0.5 | 0.25 | 0.25 | 0.5 | – | 0.5 | 0.5 | |||
PB動(dòng)植物基因組 | 1 | 0.5 | 0.5 | 1 | – | 1 | 1 | |||
Ultra Long ONT | – | 1 | 1 | 1 | – | 1 | 1 | |||
RNA | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 0.3 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 0.3 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 0.3 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | |||
真核小RNA | 0.3 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 0.3 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | 0.1 | |||
節(jié)肢動(dòng)物 | 昆蟲(蚊子、蒼蠅、螞蟻) | DNA | 重測(cè)序 | – | – | – | – | – | 0.2 | – |
SLAF | – | – | – | – | – | 0.2 | – | |||
甲基化 | – | – | – | – | – | 0.2 | – | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | – | – | – | – | – | 0.3 | – | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | – | – | – | – | – | 0.3 | – | |||
PB動(dòng)植物基因組 | – | – | – | – | – | 1 | – | |||
Ultra Long ONT | – | – | – | – | – | 1 | – | |||
RNA | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | – | – | – | – | – | 0.2 | 0.2 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | – | – | – | – | – | 0.2 | 0.2 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | – | – | – | – | – | 0.2 | 0.2 | |||
真核小RNA | – | – | – | – | – | 0.2 | 0.2 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | – | – | – | – | – | 0.2 | 0.2 | |||
水產(chǎn)動(dòng)物 | 蝦、蟹、魚等(針對(duì)微小組織類型 需要在干冰上進(jìn)行,注意操作時(shí)間不宜過長(zhǎng)) | DNA | 重測(cè)序 | – | – | – | – | – | 0.3 | – |
外顯子 | – | – | – | – | – | 0.3 | – | |||
甲基化 | – | – | – | – | – | 0.3 | – | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | – | – | – | – | – | 1 | – | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | – | – | – | – | – | 1 | – | |||
PB動(dòng)植物基因組 | – | – | – | – | – | 1.5 | – | |||
Ultra Long ONT | – | – | – | – | – | 1.5 | – | |||
RNA | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | 0.3 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | |||
真核小RNA | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 | 0.2 |
物種 | 核酸類型 | 產(chǎn)品類型 | 送樣量(g) |
皮膚 | DNA | 重測(cè)序 | 0.5 |
外顯子 | 0.5 | ||
甲基化 | 0.5 | ||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | 1 | ||
ONT動(dòng)植物基因組 | 1 | ||
PB動(dòng)植物基因組 | 2 | ||
Ultra Long ONT | – | ||
RNA | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 0.5 | |
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 0.5 | ||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 0.3 | ||
真核小RNA | 0.3 | ||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 0.3 |
2.2動(dòng)物類血液送樣量
組織部位 | 物種 | 核酸類型 | 產(chǎn)品類型 | 送樣量(ml) |
全血 | 哺乳動(dòng)物 | DNA-EDTA抗凝 | 重測(cè)序 | 0.3 |
SLAF | 0.3 | |||
甲基化 | 0.3 | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | 0.5 | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | 0.5 | |||
PB動(dòng)植物基因組 | 1 | |||
Ultra Long ONT | 1 | |||
RNA-PAXgen管送樣 | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 10 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 10 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 10 | |||
真核小RNA | 10 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 10 | |||
RNA-EDTA抗凝 | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 0.5 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 0.5 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 0.5 | |||
真核小RNA | 0.5 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 0.5 | |||
禽類 | DNA-EDTA抗凝 | 重測(cè)序 | 0.05 | |
SLAF | 0.05 | |||
甲基化 | 0.05 | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | 0.1 | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | 0.1 | |||
PB動(dòng)植物基因組 | 0.1 | |||
Ultra Long ONT | 0.1 | |||
RNA-EDTA抗凝 | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 0.5 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 0.5 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 0.5 | |||
真核小RNA | 0.5 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 0.5 |
2.3動(dòng)物類細(xì)胞送樣量
組織部位 | 物種 | 核酸類型 | 產(chǎn)品類型 | 送樣量(個(gè)) |
細(xì)胞 | DNA | 重測(cè)序 | 1*10e6 | |
SLAF | 1*10e6 | |||
甲基化 | 1*10e6 | |||
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | 5*10e6 | |||
ONT動(dòng)植物基因組 | 5*10e6 | |||
PB動(dòng)植物基因組 | 5*10e6 | |||
Ultra Long ONT | 1*10e7 | |||
RNA | 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 5*10e6 | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 5*10e6 | |||
二代轉(zhuǎn)錄組 | 3*10e6 | |||
真核小RNA | 3*10e6 | |||
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 3*10e6 |
3、核酸送樣要求
1)核酸送樣需要提供相關(guān)檢測(cè)結(jié)果,DNA類核酸可提供以下檢測(cè)手段中的一種或多種檢測(cè)結(jié)果: Qubit、 NanoDrop、 AGE,同時(shí)請(qǐng)采取適當(dāng)?shù)募兓椒ǎ员苊舛嗵?、多酚、蛋白或者核酸酶?duì)DNA樣品的污染,并詳細(xì)注明溶解DNA所使用的溶解液類型
2)如果您開展的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目為miRNA的相關(guān)實(shí)驗(yàn),并且提供的是總RNA的樣本,請(qǐng)務(wù)必確認(rèn)您采用的總RNA的提取方法保留了小RNA ( 包括miRNA),提取試劑盒型號(hào)備注送樣信息單中
3.1二代DNA送樣量要求
產(chǎn)品類型 | SLAF | 重測(cè)序 | 甲基化 | 外顯子 | FFPE | PCR產(chǎn)物 | PCR-free | chip-seq |
濃度ng/ul | 5 | 1 | 5 | 6 | 14 | 0.6 | 40 | 1 |
總量ug | 1.5 | 0.1 | 1 | 0.1 | 0.25 | 0.1 | 1 | 0.06 |
體積ul | 15 | 15 | 15 | 15 | 20 | 15 | 15 | 15 |
3.2三代DNA送樣量要求
產(chǎn)品類型 | ONT動(dòng)植物重測(cè)序 | ONT動(dòng)植物基因組 | PB動(dòng)植物基因組 | 超長(zhǎng) |
濃度ng/ul | 40 | 100 | 50 | 50 |
總量ug | 4 | 10 | 15 | 15 |
體積ul | 15 | 15 | 15 | 50 |
3.3RNA類送樣量要求
1)針對(duì)核酸有雜質(zhì)、污染、粘稠、顏色等情況,需要過柱純化后送樣或者酌情增加送樣量
2)核酸樣品建議使用1.5ml、2ml EP管裝載樣品,其他保存管容易破裂且不利于保存樣品和后續(xù)實(shí)驗(yàn)的開展
3)為了防止樣品污染和混淆,禁止使用96孔板和深孔板裝載樣品
4)用乙醇沉淀的樣品由于運(yùn)輸中會(huì)有少量乙醇揮發(fā),建議將樣品管蓋用封口膜纏繞4-5圈
5)考慮到核酸可能存在含有雜質(zhì)、顏色等物質(zhì)導(dǎo)致會(huì)產(chǎn)生大量損失的風(fēng)險(xiǎn),為保證樣本一次檢測(cè)合格并節(jié)約寶貴的重送樣時(shí)間,送樣建議量是高于公司判定標(biāo)準(zhǔn)的,請(qǐng)?jiān)诤怂崃孔銐虻那疤嵯卤M量按
項(xiàng)目類型 | 初檢結(jié)果(濃度、體積、純度) | 樣品狀態(tài) | ||
濃度(ng/ul) | 總量(ug) | 體積(ul) | ||
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) | 100 | 1 | 15 | 正常 |
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) | 100 | 1 | 15 | 正常 |
二代轉(zhuǎn)錄組 | 20 | 1 | 15 | 正常 |
真核小RNA | 80 | 1 | 15 | 正常 |
長(zhǎng)鏈非編碼RNA | 80 | 1 | 15 | 正常 |
4、樣品制備保存指南
4.1常規(guī)動(dòng)物類樣本(脊柱動(dòng)物、哺乳動(dòng)物)
常規(guī)動(dòng)物主要包括脊椎動(dòng)物組織樣本主要包括:哺乳動(dòng)物、禽類、爬行動(dòng)物以及兩棲動(dòng)物。送樣需要選擇新鮮采集的樣本,尤其是Ultra long ONT建庫(kù),樣本的取材優(yōu)先選擇核酸含量相對(duì)較高的組織,樣本制備優(yōu)先級(jí):血液>內(nèi)臟>肌肉?;铙w取下新鮮組織(肌肉、肝臟或其他組織,避免用易于寄生微生物的表皮和腸道、可能有變異細(xì)胞的病變組織),立即剔除結(jié)締組織和脂肪組織等非研究所需的組織類型。對(duì)腫瘤組織的取材,應(yīng)盡可能準(zhǔn)確地判定腫瘤和正常組織,腫瘤組織應(yīng)將周圍的正常組織切除干凈(正常組織也應(yīng)將周圍的腫瘤組織切除干凈),腸道組織一定要把內(nèi)容物清洗干凈
4.1.1液氮速凍組織操作流程(所有產(chǎn)品適用)
1)提前準(zhǔn)備好冷凍組織的足量液氮,預(yù)裝樣品的凍存管,并在做好標(biāo)記(盡量不使用漢字命名,命名字符控制在5個(gè)以內(nèi))
2)活體取下新鮮的組織
3)迅速用預(yù)冷的PBS溶液(RNase free)或0.9%生理鹽水將組織表面的殘留血液沖洗干凈
4)如果組織體積較大,將組織切成長(zhǎng)寬高均≤0.5 mm 的小塊(即黃豆大小)
5)將凍處理好的組織樣本混合均勻后保存于2 mL 或更大體積的螺口凍存管(RNase free)中,標(biāo)注編號(hào)
6)立即(20s內(nèi))置于液氮中冷凍 3~4 h,然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存
7)干冰運(yùn)輸
4.1.2TRIzol保存樣品制備流程(僅RNA細(xì)胞組織適用)
1)如果使用 TRIzol裂解液保存送樣,請(qǐng)務(wù)必先進(jìn)行液氮研磨破碎,樣品量取參考標(biāo)準(zhǔn)送樣量的1/3,然后溶于 TRIzol 中,組織樣品切勿過量
2)震蕩混勻,常溫裂解 5 min 后,使用低溫離心機(jī)12000g離心10min,將上清液轉(zhuǎn)至新的2.0ml離心管中(拍質(zhì)控照片,方便核查),轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,運(yùn)輸時(shí)選擇干冰寄送
3)禁止使用trizol保存組織樣品送樣
4.1.3RNAlater? Tissue Collection保存樣品制備流程(僅RNA適用)
1)用RNAlater? Solution保存組織之前,需要將組織切割成長(zhǎng)寬高均≤ 0.5 mm的小塊
2)如果組織帶血液或其他體液,需要過夜后更換一次RNAlater? Solution;不要將剛浸入RNAlater Solution中的樣本立即冷凍,需將樣本置于4 °C 保存過夜(使Solution充分浸潤(rùn)組織樣本),然后轉(zhuǎn)移至-20 °C 或-80 °C 長(zhǎng)期保存
3)RNAlater? Solution 不會(huì)影響組織結(jié)構(gòu),可以把已保存的組織從 RNAlater? Solution中取出,切下實(shí)驗(yàn)所需的用量,把剩余的組織再放入到原來的保存液中繼續(xù)保存
4)保存于RNAlater? Solution中樣本,-20 °C 存放時(shí),樣本不會(huì)結(jié)凍,但可能會(huì)有晶體析出,這并不影響后續(xù)的 RNA 提取工作;-80 °C 存放時(shí),樣本會(huì)結(jié)凍, 在進(jìn)行 RNA 提取前,需置于冰上融化再進(jìn)行后續(xù)操作,解凍后的樣本可再次放入-80 °C 保存
5)一般來講,生物樣本保存于RNAlater? Solution中,37 °C可存放1天,25 °C(室溫)可存放1周,4 °C 可存放1個(gè)月,-20 °C 或-80 °C 可長(zhǎng)期保存。但鑒于生物樣本的特殊性及實(shí)驗(yàn)可重復(fù)性,建議所有保存于RNAlater? Solution中樣本,都要置于-20 °C 或-80 °C 長(zhǎng)期保存
4.2全血
DNA類產(chǎn)品推薦使用EDTA抗凝管采集后分裝,RNA類產(chǎn)品優(yōu)先推薦使用PAXgene血液RNA管采集。血樣建議為新鮮采集,不建議保存時(shí)間過長(zhǎng)。血液相關(guān)產(chǎn)品僅接收全血或分離的細(xì)胞樣本,不接收血清、血漿
4.2.1DNA常規(guī)產(chǎn)品制備操作流程
1)用醫(yī)用抗凝管或已裝有抗凝劑(選用檸檬酸鈉或 EDTA 抗凝劑,由于會(huì)影響實(shí)驗(yàn)所以不可用肝素)的旋蓋管收集全血樣本
2)上下輕輕顛倒混勻十次后,分裝到常規(guī)EP管中(體積不要超過EP管的一半),轉(zhuǎn)移至-20或-80 °C長(zhǎng)期保存(實(shí)際根據(jù)采血管的說明要求操作)
3)干冰運(yùn)輸
注1:血液采集管請(qǐng)盡量不要用需專門對(duì)應(yīng)提取試劑盒的采血管,以防送樣后我們因無對(duì)應(yīng)試劑盒影響提取時(shí)間(盡量送樣前溝通)
注2:采集完血液之后需將血液轉(zhuǎn)移至EP管中,玻璃材質(zhì)采血管冷凍之后易碎
4.2.2Ultra Long ONT樣本制備流程
4.2.2.1新鮮血液
1)采集血液( 5- 10mL),然后加入含 EDTA 抗凝管中(不可使用肝素 、檸檬酸鈉等抗凝管,建議使用 Cell-Free 采血管,做好標(biāo)記(樣本名稱,日期,體積)
2)輕輕顛倒混勻十次,室溫正立放置
3)冰袋(4 °C )運(yùn)輸需避開節(jié)假日(注意冰袋盡可能多放,樣本置于中間,保證箱體溫度維持在 4 °C)。從血液離體算起,運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)人員手中不可超過 3 天
4.2.2.2凍存血液
1)血液用抗凝管采集后輕輕顛倒混勻十次
2)哺乳動(dòng)物血液分裝到 2ml 離心管里,1ml/管(至少2管,若血量不足,可根據(jù)實(shí)際情況送樣)
3)魚類、禽類、兩棲類全血分裝到 1.5ml 離心管里, 100ul/管(至少5管,若血量不足,可根據(jù)實(shí)際情況送樣)
4)做好標(biāo)記(樣本名稱, 日期,體積),液氮速凍,干冰寄送
4.2.3RNA產(chǎn)品制備操作流程
4.2.3.1PAXgene血液RNA管制備流程(人和靈長(zhǎng)類動(dòng)物優(yōu)先選擇該方式送樣)
1)PAXgene管的介紹
在研究細(xì)胞內(nèi) RNA 使用的許多分子測(cè)試中,采集全血是第一步。 這類測(cè)試中的最大挑戰(zhàn)是細(xì)胞內(nèi) RNA不穩(wěn)定,在采血后幾小時(shí)內(nèi)迅速降解。 此外,通過基因誘導(dǎo)過程,某些種類的 RNA 采血后在體外增加。 體外 RNA 降解和基因誘導(dǎo)均會(huì)導(dǎo)致體內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄物相對(duì)數(shù)量估計(jì)過低或過高。 PAXgene 血液RNA 管含有一種附加劑,通過減少體外 RNA 降解和盡量減少基因誘導(dǎo),可穩(wěn)定體內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄譜。 與PAXgene 血液 RNA 套件配套使用時(shí),PAXgene 血液 RNA 管可以實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的基因轉(zhuǎn)錄物檢測(cè)和定量
2)采集前準(zhǔn)備
A.PAXgene Blood RNA Tube(2.5mL采血管,含專用RNA穩(wěn)定劑)
B.符合標(biāo)準(zhǔn)的靜脈采血裝置(無菌針頭、持針器、止血帶等)
C.毒用品(酒精棉片、碘伏等)
D.生物安全防護(hù)裝備(手套、護(hù)目鏡等)
3)采集流程
A.確保 PAXgene 血液 RNA 管使用前在 18-25?C 溫度下,且正確貼有標(biāo)本識(shí)別標(biāo)簽
B.如果 PAXgene 血液 RNA 管是待抽吸的唯一試管,應(yīng)當(dāng)先抽血至“丟棄管”,再抽血至 PAXgene 血液 RNA 管,這樣便可以灌注放血過程中使用的采血裝置的內(nèi)部空間。 否則,PAXgene 血液 RNA 管應(yīng)是放血程序中最后抽吸的試管
C.采用您所在機(jī)構(gòu)推薦的標(biāo)準(zhǔn)靜脈穿刺技術(shù)程序,使用采血裝置和試管固定器,采血2.5ml至 PAXgene 血液RNA 管
D.采血后立即輕輕地將PAXgene 血液 RNA 管倒置 8–10 次
E.在室溫下 (18–25?C) 直立存儲(chǔ) PAXgene 血液 RNA 管至少 2 小時(shí),最多 72 小時(shí),然后再處理或轉(zhuǎn)移至冷藏室 (2–8?C) 或冷凍室 (-20?C)。 若需要 -70?C / -80?C 的存儲(chǔ)溫度,請(qǐng)參見“PAXgene 血液RNA 管內(nèi)所采集標(biāo)本的冷凍和解凍程序” 以獲取詳細(xì)信息
4)注意事項(xiàng)
A.確保采血管在有效期內(nèi),無漏液或變色(正常試劑為淡黃色)
B.不可預(yù)先打開管蓋,避免穩(wěn)定劑失效
C.一旦受到碰撞,冷凍的 PAXgene 血液 RNA 管就容易破裂。為降低在運(yùn)輸期間破裂的風(fēng)險(xiǎn),請(qǐng)按照處理玻璃管的方式來處理冷凍的試管。使用者必須確認(rèn)自己的 PAXgene 血液 RNA 管冷凍和運(yùn)輸協(xié)議
D.PAXgene 血液 RNA 管填充不足會(huì)導(dǎo)致血液與附加劑的比率錯(cuò)誤,且可能導(dǎo)致分析結(jié)果錯(cuò)誤或產(chǎn)品性能欠佳
E.PAXgene血液 RNA 系統(tǒng)不適用于采集和純化病毒 RNA
4.2.3.2EDTA抗凝管送樣制備流程
1)用醫(yī)用抗凝管或已裝有抗凝劑(選用檸檬酸鈉或 EDTA 抗凝劑,由于會(huì)影響實(shí)驗(yàn)所以不可用肝素)的旋蓋管收集全血樣本
2)上下輕輕顛倒混勻十次后,分裝到常規(guī)EP管中(體積不要超過EP管的一半),轉(zhuǎn)移至-20或-80 °C長(zhǎng)期保存(實(shí)際根據(jù)采血管的說明要求操作)
3)干冰運(yùn)輸
4.3昆蟲
1)昆蟲樣本,需進(jìn)行表面微生物的清洗,某些吸血性昆蟲,例如蚊子,血吸蟲,該類型樣本可能存在外源污染,需要進(jìn)行切腹,去除腸道處理。較大個(gè)體的選取不帶腸道部分的組織,將組織切成長(zhǎng)寬高均≤0.5 cm 的小塊(即黃豆大小),對(duì)于較小個(gè)體只能用整個(gè)個(gè)體的,應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)酿囸I處理(注意保證昆蟲的活性)
2)提前準(zhǔn)備好冷凍組織的足量液氮,預(yù)裝樣品的凍存管,并做好標(biāo)記(盡量不使用漢字命名,命名字符控制在5個(gè)以內(nèi))
3)轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送
注1:小型昆蟲組織務(wù)必在信息單中備注微量樣本需液氮交接防止降解。同時(shí)該類樣本因只滿足一次或低于常規(guī)一次提取用量,我們無法保證100%提取合格
注2:蜜蜂送樣時(shí)盡量要求老師取胸部肌肉送樣,整個(gè)蜜蜂送樣提取的核酸狀態(tài)大多數(shù)異常,影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)。不建議送實(shí)驗(yàn)室剔除,因?yàn)榻M織速凍過之后再剔除會(huì)化凍,提取降解的可能性較大
4.4微生物
4.4.1細(xì)菌
1)顯微鏡下觀察細(xì)菌生長(zhǎng)狀態(tài),建議收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的細(xì)菌
2)將適量體積的菌液轉(zhuǎn)移至2 mL 旋蓋尖底離心管(無菌,無核酸酶)中,于室溫下14000 ×g 離心1 min
3)棄掉培養(yǎng)基,將細(xì)菌菌體沉淀迅速置于液氮中冷凍1-3 h以上(凍存時(shí)間視組織量而定,保證樣品凍存充分),然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存
4)將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位,大體積干冰運(yùn)輸
5)以下為不規(guī)范送樣圖片:菌體平板(左圖),菌液送樣(右圖)
4.4.2真菌
4.4.2.1單細(xì)胞真菌
單細(xì)胞真菌以酵母菌為代表。一次提取反應(yīng)所需酵母菌的量需≤1×107個(gè),以 5×106-1× 107個(gè)為宜。您要做的項(xiàng)目要求送樣量較大時(shí),可以將樣品按上述數(shù)量要求分裝后單獨(dú)保存
1)顯微鏡下觀察酵母菌生長(zhǎng)狀態(tài),最好收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的酵母菌
2)將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2 mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1 min
3)棄盡培養(yǎng)基,將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍1-3 h以上(凍存時(shí)間視組織量而定,保證樣品凍存充分),然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存
4)將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位,大體積干冰運(yùn)輸
4.4.2.2多細(xì)胞真菌(大型真菌)
1)取完整菌體,先用大量清水沖洗其表面雜質(zhì),再用純水清洗一遍,使用吸水紙吸干表面的水份后,用剪刀將組織分割為小塊,做好標(biāo)記(樣本名稱,日期,,體 積)放液氮里速凍,干冰寄送
2)菌絲:將無菌棉簽輕輕觸碰菌落或菌斑的中心部分,避免碰到邊緣或其他細(xì)菌來源。然后,將棉簽迅速劃過培養(yǎng)基表面,以收集菌絲轉(zhuǎn)移至將2 mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1 min。(可根據(jù)樣品量收集多管或使用15mL螺旋管收集)
4.5水產(chǎn)類
水產(chǎn)類包括淡水魚類、海水魚類、貝類、藻類。送樣需要選擇新鮮采集的樣本
1)優(yōu)先選用新鮮采集的樣品送樣,稀有樣本可酌情選取凍存組織。采集樣品時(shí)應(yīng)選取核酸含量較多的部位
2)取得活體組織后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液體
3)活體取材后用預(yù)冷的0.9%生理鹽水進(jìn)行清洗,去除血漬和污物
4)將樣品分割成50 mg左右的小塊(約黃豆大?。?,樣品分割和處理時(shí)應(yīng)盡量在冰上進(jìn)行,防止樣品降解。避免裝樣太滿以至凍裂,造成樣品污染
注:水產(chǎn)類樣品需盡量保證為新鮮個(gè)體。盡量避免寄送保存時(shí)間較長(zhǎng)或經(jīng)過反復(fù)凍融的組織樣品。針對(duì)軟體動(dòng)物可先使用75%的乙醇進(jìn)行漂洗,漂洗干凈后液氮冷凍,干冰運(yùn)輸;針對(duì)刺胞動(dòng)物,可去除頭部和腸道等部位,保留肌肉外壁用于提取
4.6細(xì)胞
4.6.1貼壁細(xì)胞
4.6.1.1液氮速凍法
1)確定細(xì)胞生長(zhǎng)狀態(tài)良好;離心得到細(xì)胞沉淀(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)
2)棄去培養(yǎng)基,加入 1 mlLPBS(RNase free,室溫),輕輕將細(xì)胞沉淀懸起, 轉(zhuǎn)移至 2 mL 旋蓋尖底離心管(RNase free)中
3)離心(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)得到細(xì)胞沉淀,棄去PBS,液氮速凍2h之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送
4.6.1.2TRIzol裂解法
1)離心收集的細(xì)胞迅速溶于 TRIzol 裂解,每 5 X 10^6個(gè)細(xì)胞加 1 mL TRIzol
2)細(xì)胞溶于 TRIzol 后,如出現(xiàn)成團(tuán),需用吸頭將細(xì)胞團(tuán)吹打散,或者激烈震蕩混勻,使細(xì)胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解
3)室溫靜置5min,之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送
4.6.2懸浮細(xì)胞
4.6.2.1液氮速凍法
1)確定細(xì)胞生長(zhǎng)狀態(tài)良好;離心得到細(xì)胞沉淀(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)
2)棄去培養(yǎng)基,加入 1 mlLPBS(RNase free,室溫),輕輕將細(xì)胞沉淀懸起, 轉(zhuǎn)移至 2 mL 旋蓋尖底離心管(RNase free)中
3)離心(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)得到細(xì)胞沉淀,棄去PBS,液氮速凍2h之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送
4.6.2.2TRIzol裂解法
1)離心收集的細(xì)胞迅速溶于 TRIzol 裂解,每 5 X 10^6個(gè)細(xì)胞加 1 mL TRIzol
2)細(xì)胞溶于 TRIzol 后,如出現(xiàn)成團(tuán),需用吸頭將細(xì)胞團(tuán)吹打散,或者激烈震蕩混勻,使細(xì)胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解
3)室溫靜置5min,之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送
5、注意事項(xiàng)
核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、采集方法及保存狀態(tài)、提取方法及操作、實(shí)驗(yàn)器材及環(huán)境等因素均有密不可分的聯(lián)系,尤其是三代超長(zhǎng)提取對(duì)樣本的質(zhì)量、總量要求更高,望知悉及理解,并做好樣本備份。為了保障獲得高質(zhì)量的核酸,請(qǐng)務(wù)必按照送樣手冊(cè)所規(guī)定的準(zhǔn)備樣本。對(duì)珍貴樣本或者微量樣本,建議自行提取。
1)組織速凍時(shí)間:組織離體后,胞內(nèi)核酸便開始降解,尤其是 RNA,故采集時(shí),目的組織離體后,需立即速凍,建議 3min 內(nèi)完成,越快越好。速凍時(shí)間過短會(huì)導(dǎo)致速凍不徹底,核酸有降解風(fēng)險(xiǎn)
2)組織送樣量:建議送樣量適用于 95%的物種組織,少部分組織因胞內(nèi)核酸量較低,需適當(dāng)增加送樣量,比如動(dòng)物皮膚、毛發(fā)等。請(qǐng)嚴(yán)格按照上方組織送樣量要求送樣,送樣量過少或過多均不利于提取實(shí)驗(yàn)。采樣量較少會(huì)導(dǎo)致提取的核酸總量、濃度不合格,采樣量過多反而會(huì)造成速凍不徹底、提取取樣困難、凍融降解等危險(xiǎn)
3)組織狀態(tài):不建議送組織狀態(tài)差或非生長(zhǎng)旺盛期樣品,核酸有一定幾率降解
4)組織保存管的選擇:所有組織樣品務(wù)必使用離心管或螺紋管保存,切勿直接裝入密封袋(低溫凍脆易破裂,導(dǎo)致樣品泄露,交叉污染)保存
5)組織樣品保存方法選擇:首選液氮速凍;沒有液氮條件的,可直接放入-80℃冰箱凍存。未使用液氮速凍或液氮速凍時(shí)間過短都有一定幾率導(dǎo)致核酸降解
6)組織送樣方式的選擇:干冰運(yùn)輸,且需要保證干冰的充足,冰袋和常溫送樣,有幾率導(dǎo)致核酸的降解。除RNA類樣品可使用RNAlater保存送樣,其余產(chǎn)品均建議送速凍組織,不建議使用保護(hù)液送樣,化開離心會(huì)有幾率導(dǎo)致核酸降解;不建議酒精送樣,固定不徹底,有一定幾率殘留核酸酶,降解核酸
7)凍融組織: 組織凍存后,一旦凍融,核酸降解概率大于 80%,幾乎不可能提取成功,此類組織不建議送樣。請(qǐng)各位老師送樣前注意組織保存狀態(tài), 確保組織未發(fā)生過凍融情況
8)帶血組織:由于血液沒有專業(yè)的保護(hù)劑,去除不凈一起速凍送樣會(huì)影響組織的完整性
9)長(zhǎng)年保存的組織:保存時(shí)間超過一年的組織不建議送樣
10)組織分離要求:正常組織樣本中不能含有病變組織,而病變組織樣本中也不可以夾帶有正常組織,提取實(shí)驗(yàn)時(shí)無法精確取樣,無法稱重。組織量過多的不能全部取樣,只隨機(jī)選取適量組織提取
11)對(duì)于同一個(gè)組織樣品需要同時(shí)提取 DNA和 RNA 的,請(qǐng)務(wù)必分成兩管分批次送樣。樣本的特殊處理包括:鹽處理、溫度處理、藥物處理、病毒侵染、傷害處理、干旱處理等脅迫處理方式,不同程度的處理對(duì)樣本的核酸質(zhì)量會(huì)造成不同程度的影響,常見的會(huì)導(dǎo)致核酸 的降解或者得率降低。因此,經(jīng)過特殊處理的樣本,在送樣時(shí),務(wù)必請(qǐng)?jiān)跇颖拘畔沃羞M(jìn)行詳細(xì)的備注,以便盡量提高提取的成功率和避免樣本的浪費(fèi)
6、不合格樣品存在風(fēng)險(xiǎn)
6.1樣本總量不足、濃度過低存在風(fēng)險(xiǎn)
1)文庫(kù)構(gòu)建失敗
2)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足
3)導(dǎo)致數(shù)據(jù)隨機(jī)性異常
4)數(shù)據(jù)質(zhì)量差
6.2降解樣本風(fēng)險(xiǎn)
1)文庫(kù)構(gòu)建失敗
2)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足
3)導(dǎo)致數(shù)據(jù)隨機(jī)性異常
4)數(shù)據(jù)質(zhì)量差
5)導(dǎo)致數(shù)據(jù)duplication比例高、隨機(jī)性差
6)導(dǎo)致Small RNA rRNA比例高,影響有效數(shù)據(jù),文庫(kù)片段異常
6.3蛋白或其他雜質(zhì)污染
1)可能影響Small RNA電泳分離,造成切膠不準(zhǔn),影響問題質(zhì)量
2)可能影響RNA-seq磁珠分離導(dǎo)致建庫(kù)失敗,或即使達(dá)到上機(jī)要求也可能導(dǎo)致文庫(kù)隨機(jī)性差等問題
3)文庫(kù)構(gòu)建失敗
4)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足
6.4目標(biāo)RNA含量低
1)總RNA達(dá)到要求,但由于樣本特異性,small RNA含量低于正常樣本,導(dǎo)致建庫(kù)失敗
2)總RNA達(dá)到要求,但由于處理或組織部位的特異性,mRNA降解或含量低,導(dǎo)致建庫(kù)失敗或者測(cè)序數(shù)據(jù)中rRNA 數(shù)據(jù)比例高