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1、前言

1.1適用范圍

本指南介紹百邁客動(dòng)物類組織&核酸樣品的送樣要求及制備方法。采集送樣前請(qǐng)?jiān)敿?xì)閱讀。信息單中樣本名稱、組織部位必須與實(shí)物相符,避免因信息單與實(shí)物不符導(dǎo)致反復(fù)核對(duì),影響樣本質(zhì)量、錄入周期,導(dǎo)致提取核酸質(zhì)量不滿足建庫(kù)測(cè)序要求,實(shí)驗(yàn)周期過長(zhǎng)等

1.2聲明

對(duì)于危害程度為第一、二類的高致病性樣品,只接收提取后的核酸樣品,不接收組織樣。對(duì)于危害程度為三、四類的致病性或傳染性的組織樣,必須先通過銷售或運(yùn)營(yíng)與醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)負(fù)責(zé)人溝通,確認(rèn)無高致病和傳染性且能進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)后再安排樣品寄送。危害程度的判定標(biāo)準(zhǔn)具體參見《人間傳染的病原微生物名錄》

1.3提取風(fēng)險(xiǎn)提示

核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、樣本制備、樣本交接、提取方法與操作、以及環(huán)境等因素息息相關(guān),尤其是三代超長(zhǎng)提取對(duì)樣的要求更高。組織提取時(shí)可能受到上下游處理操作的影響,因此較難保證單次提取滿足質(zhì)量要求,望老師知悉理解,并做好組織備份。為保障獲得相對(duì)較高質(zhì)量的核酸,請(qǐng)老師務(wù)必按照以下指導(dǎo)原則準(zhǔn)備樣本。對(duì)于珍貴樣本或微量樣本,建議自行提取

2、組織送樣量要求

注意:未在表格出現(xiàn)的物種,請(qǐng)單獨(dú)溝通。送樣量結(jié)果展示為滿足提取一次的量,如樣品經(jīng)過特殊處理或樣本狀態(tài)異常有幾率影響得率,為了保證您的實(shí)驗(yàn)可以順利進(jìn)行,請(qǐng)酌情增加送樣量

2.1常規(guī)動(dòng)物類組織送樣要求

物種 舉例說明 核酸類型 產(chǎn)品類型 組織部位(g)
心臟 肝臟 脾臟 腎臟 肌肉 腸道
常規(guī)動(dòng)物 哺乳動(dòng)物、禽類、爬行動(dòng)物 DNA 重測(cè)序 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
SLAF 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
甲基化 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 0.5 0.25 0.25 0.5 0.5 0.5
ONT動(dòng)植物基因組 0.5 0.25 0.25 0.5 0.5 0.5
PB動(dòng)植物基因組 1 0.5 0.5 1 1 1
Ultra Long ONT 1 1 1 1 1
RNA 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
二代轉(zhuǎn)錄組 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
真核小RNA 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.3 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
節(jié)肢動(dòng)物 昆蟲(蚊子、蒼蠅、螞蟻) DNA 重測(cè)序 0.2
SLAF 0.2
甲基化 0.2
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 0.3
ONT動(dòng)植物基因組 0.3
PB動(dòng)植物基因組 1
Ultra Long ONT 1
RNA 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.2 0.2
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.2 0.2
二代轉(zhuǎn)錄組 0.2 0.2
真核小RNA 0.2 0.2
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.2 0.2
水產(chǎn)動(dòng)物 蝦、蟹、魚等(針對(duì)微小組織類型 需要在干冰上進(jìn)行,注意操作時(shí)間不宜過長(zhǎng)) DNA 重測(cè)序 0.3
外顯子 0.3
甲基化 0.3
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 1
ONT動(dòng)植物基因組 1
PB動(dòng)植物基因組 1.5
Ultra Long ONT 1.5
RNA 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3 0.3
二代轉(zhuǎn)錄組 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
真核小RNA 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2

物種 核酸類型 產(chǎn)品類型 送樣量(g)
皮膚 DNA 重測(cè)序 0.5
外顯子 0.5
甲基化 0.5
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 1
ONT動(dòng)植物基因組 1
PB動(dòng)植物基因組 2
Ultra Long ONT
RNA 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.5
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.5
二代轉(zhuǎn)錄組 0.3
真核小RNA 0.3
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.3

2.2動(dòng)物類血液送樣量

組織部位 物種 核酸類型 產(chǎn)品類型 送樣量(ml)
全血 哺乳動(dòng)物 DNA-EDTA抗凝 重測(cè)序 0.3
SLAF 0.3
甲基化 0.3
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 0.5
ONT動(dòng)植物基因組 0.5
PB動(dòng)植物基因組 1
Ultra Long ONT 1
RNA-PAXgen管送樣 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 10
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 10
二代轉(zhuǎn)錄組 10
真核小RNA 10
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 10
RNA-EDTA抗凝 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.5
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.5
二代轉(zhuǎn)錄組 0.5
真核小RNA 0.5
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.5
禽類 DNA-EDTA抗凝 重測(cè)序 0.05
SLAF 0.05
甲基化 0.05
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 0.1
ONT動(dòng)植物基因組 0.1
PB動(dòng)植物基因組 0.1
Ultra Long ONT 0.1
RNA-EDTA抗凝 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 0.5
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 0.5
二代轉(zhuǎn)錄組 0.5
真核小RNA 0.5
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 0.5

2.3動(dòng)物類細(xì)胞送樣量

組織部位 物種 核酸類型 產(chǎn)品類型 送樣量(個(gè))
細(xì)胞 DNA 重測(cè)序 1*10e6
SLAF 1*10e6
甲基化 1*10e6
ONT動(dòng)植物重測(cè)序 5*10e6
ONT動(dòng)植物基因組 5*10e6
PB動(dòng)植物基因組 5*10e6
Ultra Long ONT 1*10e7
RNA 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 5*10e6
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 5*10e6
二代轉(zhuǎn)錄組 3*10e6
真核小RNA 3*10e6
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 3*10e6

3、核酸送樣要求

1)核酸送樣需要提供相關(guān)檢測(cè)結(jié)果,DNA類核酸可提供以下檢測(cè)手段中的一種或多種檢測(cè)結(jié)果: Qubit、 NanoDrop、 AGE,同時(shí)請(qǐng)采取適當(dāng)?shù)募兓椒ǎ员苊舛嗵?、多酚、蛋白或者核酸酶?duì)DNA樣品的污染,并詳細(xì)注明溶解DNA所使用的溶解液類型

2)如果您開展的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目為miRNA的相關(guān)實(shí)驗(yàn),并且提供的是總RNA的樣本,請(qǐng)務(wù)必確認(rèn)您采用的總RNA的提取方法保留了小RNA ( 包括miRNA),提取試劑盒型號(hào)備注送樣信息單中

3.1二代DNA送樣量要求

產(chǎn)品類型 SLAF 重測(cè)序 甲基化 外顯子 FFPE PCR產(chǎn)物 PCR-free chip-seq
濃度ng/ul 5 1 5 6 14 0.6 40 1
總量ug 1.5 0.1 1 0.1 0.25 0.1 1 0.06
體積ul 15 15 15 15 20 15 15 15

3.2三代DNA送樣量要求

產(chǎn)品類型 ONT動(dòng)植物重測(cè)序 ONT動(dòng)植物基因組 PB動(dòng)植物基因組 超長(zhǎng)
濃度ng/ul 40 100 50 50
總量ug 4 10 15 15
體積ul 15 15 15 50

3.3RNA類送樣量要求

1)針對(duì)核酸有雜質(zhì)、污染、粘稠、顏色等情況,需要過柱純化后送樣或者酌情增加送樣量

2)核酸樣品建議使用1.5ml、2ml EP管裝載樣品,其他保存管容易破裂且不利于保存樣品和后續(xù)實(shí)驗(yàn)的開展

3)為了防止樣品污染和混淆,禁止使用96孔板和深孔板裝載樣品

4)用乙醇沉淀的樣品由于運(yùn)輸中會(huì)有少量乙醇揮發(fā),建議將樣品管蓋用封口膜纏繞4-5圈

5)考慮到核酸可能存在含有雜質(zhì)、顏色等物質(zhì)導(dǎo)致會(huì)產(chǎn)生大量損失的風(fēng)險(xiǎn),為保證樣本一次檢測(cè)合格并節(jié)約寶貴的重送樣時(shí)間,送樣建議量是高于公司判定標(biāo)準(zhǔn)的,請(qǐng)?jiān)诤怂崃孔銐虻那疤嵯卤M量按

項(xiàng)目類型 初檢結(jié)果(濃度、體積、純度) 樣品狀態(tài)
濃度(ng/ul 總量(ug 體積(ul)
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(PB) 100 1 15 正常
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(ONT) 100 1 15 正常
二代轉(zhuǎn)錄組 20 1 15 正常
真核小RNA 80 1 15 正常
長(zhǎng)鏈非編碼RNA 80 1 15 正常

4、樣品制備保存指南

4.1常規(guī)動(dòng)物類樣本(脊柱動(dòng)物、哺乳動(dòng)物)

常規(guī)動(dòng)物主要包括脊椎動(dòng)物組織樣本主要包括:哺乳動(dòng)物、禽類、爬行動(dòng)物以及兩棲動(dòng)物。送樣需要選擇新鮮采集的樣本,尤其是Ultra long ONT建庫(kù),樣本的取材優(yōu)先選擇核酸含量相對(duì)較高的組織,樣本制備優(yōu)先級(jí):血液>內(nèi)臟>肌肉?;铙w取下新鮮組織(肌肉、肝臟或其他組織,避免用易于寄生微生物的表皮和腸道、可能有變異細(xì)胞的病變組織),立即剔除結(jié)締組織和脂肪組織等非研究所需的組織類型。對(duì)腫瘤組織的取材,應(yīng)盡可能準(zhǔn)確地判定腫瘤和正常組織,腫瘤組織應(yīng)將周圍的正常組織切除干凈(正常組織也應(yīng)將周圍的腫瘤組織切除干凈),腸道組織一定要把內(nèi)容物清洗干凈

4.1.1液氮速凍組織操作流程(所有產(chǎn)品適用)

1)提前準(zhǔn)備好冷凍組織的足量液氮,預(yù)裝樣品的凍存管,并在做好標(biāo)記(盡量不使用漢字命名,命名字符控制在5個(gè)以內(nèi))

2)活體取下新鮮的組織

3)迅速用預(yù)冷的PBS溶液(RNase free)或0.9%生理鹽水將組織表面的殘留血液沖洗干凈

4)如果組織體積較大,將組織切成長(zhǎng)寬高均≤0.5 mm 的小塊(即黃豆大小)

5)將凍處理好的組織樣本混合均勻后保存于2 mL 或更大體積的螺口凍存管(RNase free)中,標(biāo)注編號(hào)

6)立即(20s內(nèi))置于液氮中冷凍 3~4 h,然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存

7)干冰運(yùn)輸

4.1.2TRIzol保存樣品制備流程(僅RNA細(xì)胞組織適用)

1)如果使用 TRIzol裂解液保存送樣,請(qǐng)務(wù)必先進(jìn)行液氮研磨破碎,樣品量取參考標(biāo)準(zhǔn)送樣量的1/3,然后溶于 TRIzol 中,組織樣品切勿過量

2)震蕩混勻,常溫裂解 5 min 后,使用低溫離心機(jī)12000g離心10min,將上清液轉(zhuǎn)至新的2.0ml離心管中(拍質(zhì)控照片,方便核查),轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,運(yùn)輸時(shí)選擇干冰寄送

3)禁止使用trizol保存組織樣品送樣

4.1.3RNAlater? Tissue Collection保存樣品制備流程(僅RNA適用)

1)用RNAlater? Solution保存組織之前,需要將組織切割成長(zhǎng)寬高均≤ 0.5 mm的小塊

2)如果組織帶血液或其他體液,需要過夜后更換一次RNAlater? Solution;不要將剛浸入RNAlater Solution中的樣本立即冷凍,需將樣本置于4 °C 保存過夜(使Solution充分浸潤(rùn)組織樣本),然后轉(zhuǎn)移至-20 °C 或-80 °C 長(zhǎng)期保存

3)RNAlater? Solution 不會(huì)影響組織結(jié)構(gòu),可以把已保存的組織從 RNAlater? Solution中取出,切下實(shí)驗(yàn)所需的用量,把剩余的組織再放入到原來的保存液中繼續(xù)保存

4)保存于RNAlater? Solution中樣本,-20 °C 存放時(shí),樣本不會(huì)結(jié)凍,但可能會(huì)有晶體析出,這并不影響后續(xù)的 RNA 提取工作;-80 °C 存放時(shí),樣本會(huì)結(jié)凍, 在進(jìn)行 RNA 提取前,需置于冰上融化再進(jìn)行后續(xù)操作,解凍后的樣本可再次放入-80 °C 保存

5)一般來講,生物樣本保存于RNAlater? Solution中,37 °C可存放1天,25 °C(室溫)可存放1周,4 °C 可存放1個(gè)月,-20 °C 或-80 °C 可長(zhǎng)期保存。但鑒于生物樣本的特殊性及實(shí)驗(yàn)可重復(fù)性,建議所有保存于RNAlater? Solution中樣本,都要置于-20 °C 或-80 °C 長(zhǎng)期保存

4.2全血

DNA類產(chǎn)品推薦使用EDTA抗凝管采集后分裝,RNA類產(chǎn)品優(yōu)先推薦使用PAXgene血液RNA管采集。血樣建議為新鮮采集,不建議保存時(shí)間過長(zhǎng)。血液相關(guān)產(chǎn)品僅接收全血或分離的細(xì)胞樣本,不接收血清、血漿

4.2.1DNA常規(guī)產(chǎn)品制備操作流程

1)用醫(yī)用抗凝管或已裝有抗凝劑(選用檸檬酸鈉或 EDTA 抗凝劑,由于會(huì)影響實(shí)驗(yàn)所以不可用肝素)的旋蓋管收集全血樣本

2)上下輕輕顛倒混勻十次后,分裝到常規(guī)EP管中(體積不要超過EP管的一半),轉(zhuǎn)移至-20或-80 °C長(zhǎng)期保存(實(shí)際根據(jù)采血管的說明要求操作)

3)干冰運(yùn)輸

注1:血液采集管請(qǐng)盡量不要用需專門對(duì)應(yīng)提取試劑盒的采血管,以防送樣后我們因無對(duì)應(yīng)試劑盒影響提取時(shí)間(盡量送樣前溝通)

注2:采集完血液之后需將血液轉(zhuǎn)移至EP管中,玻璃材質(zhì)采血管冷凍之后易碎

4.2.2Ultra Long ONT樣本制備流程

4.2.2.1新鮮血液

1)采集血液( 5- 10mL),然后加入含 EDTA 抗凝管中(不可使用肝素 、檸檬酸鈉等抗凝管,建議使用 Cell-Free 采血管,做好標(biāo)記(樣本名稱,日期,體積)

2)輕輕顛倒混勻十次,室溫正立放置

3)冰袋(4 °C )運(yùn)輸需避開節(jié)假日(注意冰袋盡可能多放,樣本置于中間,保證箱體溫度維持在 4 °C)。從血液離體算起,運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)人員手中不可超過 3 天

4.2.2.2凍存血液

1)血液用抗凝管采集后輕輕顛倒混勻十次

2)哺乳動(dòng)物血液分裝到 2ml 離心管里,1ml/管(至少2管,若血量不足,可根據(jù)實(shí)際情況送樣)

3)魚類、禽類、兩棲類全血分裝到 1.5ml 離心管里, 100ul/管(至少5管,若血量不足,可根據(jù)實(shí)際情況送樣)

4)做好標(biāo)記(樣本名稱, 日期,體積),液氮速凍,干冰寄送

4.2.3RNA產(chǎn)品制備操作流程

4.2.3.1PAXgene血液RNA管制備流程(人和靈長(zhǎng)類動(dòng)物優(yōu)先選擇該方式送樣)

1)PAXgene管的介紹

在研究細(xì)胞內(nèi) RNA 使用的許多分子測(cè)試中,采集全血是第一步。 這類測(cè)試中的最大挑戰(zhàn)是細(xì)胞內(nèi) RNA不穩(wěn)定,在采血后幾小時(shí)內(nèi)迅速降解。 此外,通過基因誘導(dǎo)過程,某些種類的 RNA 采血后在體外增加。 體外 RNA 降解和基因誘導(dǎo)均會(huì)導(dǎo)致體內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄物相對(duì)數(shù)量估計(jì)過低或過高。 PAXgene 血液RNA 管含有一種附加劑,通過減少體外 RNA 降解和盡量減少基因誘導(dǎo),可穩(wěn)定體內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄譜。 與PAXgene 血液 RNA 套件配套使用時(shí),PAXgene 血液 RNA 管可以實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的基因轉(zhuǎn)錄物檢測(cè)和定量

2)采集前準(zhǔn)備

A.PAXgene Blood RNA Tube(2.5mL采血管,含專用RNA穩(wěn)定劑)

B.符合標(biāo)準(zhǔn)的靜脈采血裝置(無菌針頭、持針器、止血帶等)

C.毒用品(酒精棉片、碘伏等)

D.生物安全防護(hù)裝備(手套、護(hù)目鏡等)

3)采集流程

A.確保 PAXgene 血液 RNA 管使用前在 18-25?C 溫度下,且正確貼有標(biāo)本識(shí)別標(biāo)簽

B.如果 PAXgene 血液 RNA 管是待抽吸的唯一試管,應(yīng)當(dāng)先抽血至“丟棄管”,再抽血至 PAXgene 血液 RNA 管,這樣便可以灌注放血過程中使用的采血裝置的內(nèi)部空間。 否則,PAXgene 血液 RNA 管應(yīng)是放血程序中最后抽吸的試管

C.采用您所在機(jī)構(gòu)推薦的標(biāo)準(zhǔn)靜脈穿刺技術(shù)程序,使用采血裝置和試管固定器,采血2.5ml至 PAXgene 血液RNA 管

D.采血后立即輕輕地將PAXgene 血液 RNA 管倒置 8–10 次

E.在室溫下 (18–25?C) 直立存儲(chǔ) PAXgene 血液 RNA 管至少 2 小時(shí),最多 72 小時(shí),然后再處理或轉(zhuǎn)移至冷藏室 (2–8?C) 或冷凍室 (-20?C)。 若需要 -70?C / -80?C 的存儲(chǔ)溫度,請(qǐng)參見“PAXgene 血液RNA 管內(nèi)所采集標(biāo)本的冷凍和解凍程序” 以獲取詳細(xì)信息

4)注意事項(xiàng)

A.確保采血管在有效期內(nèi),無漏液或變色(正常試劑為淡黃色)

B.不可預(yù)先打開管蓋,避免穩(wěn)定劑失效

C.一旦受到碰撞,冷凍的 PAXgene 血液 RNA 管就容易破裂。為降低在運(yùn)輸期間破裂的風(fēng)險(xiǎn),請(qǐng)按照處理玻璃管的方式來處理冷凍的試管。使用者必須確認(rèn)自己的 PAXgene 血液 RNA 管冷凍和運(yùn)輸協(xié)議

D.PAXgene 血液 RNA 管填充不足會(huì)導(dǎo)致血液與附加劑的比率錯(cuò)誤,且可能導(dǎo)致分析結(jié)果錯(cuò)誤或產(chǎn)品性能欠佳

E.PAXgene血液 RNA 系統(tǒng)不適用于采集和純化病毒 RNA

4.2.3.2EDTA抗凝管送樣制備流程

1)用醫(yī)用抗凝管或已裝有抗凝劑(選用檸檬酸鈉或 EDTA 抗凝劑,由于會(huì)影響實(shí)驗(yàn)所以不可用肝素)的旋蓋管收集全血樣本

2)上下輕輕顛倒混勻十次后,分裝到常規(guī)EP管中(體積不要超過EP管的一半),轉(zhuǎn)移至-20或-80 °C長(zhǎng)期保存(實(shí)際根據(jù)采血管的說明要求操作)

3)干冰運(yùn)輸

4.3昆蟲

1)昆蟲樣本,需進(jìn)行表面微生物的清洗,某些吸血性昆蟲,例如蚊子,血吸蟲,該類型樣本可能存在外源污染,需要進(jìn)行切腹,去除腸道處理。較大個(gè)體的選取不帶腸道部分的組織,將組織切成長(zhǎng)寬高均≤0.5 cm 的小塊(即黃豆大小),對(duì)于較小個(gè)體只能用整個(gè)個(gè)體的,應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)?shù)酿囸I處理(注意保證昆蟲的活性)

2)提前準(zhǔn)備好冷凍組織的足量液氮,預(yù)裝樣品的凍存管,并做好標(biāo)記(盡量不使用漢字命名,命名字符控制在5個(gè)以內(nèi))

3)轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送

注1:小型昆蟲組織務(wù)必在信息單中備注微量樣本需液氮交接防止降解。同時(shí)該類樣本因只滿足一次或低于常規(guī)一次提取用量,我們無法保證100%提取合格

注2:蜜蜂送樣時(shí)盡量要求老師取胸部肌肉送樣,整個(gè)蜜蜂送樣提取的核酸狀態(tài)大多數(shù)異常,影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)。不建議送實(shí)驗(yàn)室剔除,因?yàn)榻M織速凍過之后再剔除會(huì)化凍,提取降解的可能性較大

4.4微生物

4.4.1細(xì)菌

1)顯微鏡下觀察細(xì)菌生長(zhǎng)狀態(tài),建議收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的細(xì)菌

2)將適量體積的菌液轉(zhuǎn)移至2 mL 旋蓋尖底離心管(無菌,無核酸酶)中,于室溫下14000 ×g 離心1 min

3)棄掉培養(yǎng)基,將細(xì)菌菌體沉淀迅速置于液氮中冷凍1-3 h以上(凍存時(shí)間視組織量而定,保證樣品凍存充分),然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存

4)將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位,大體積干冰運(yùn)輸

5)以下為不規(guī)范送樣圖片:菌體平板(左圖),菌液送樣(右圖)

4.4.2真菌

4.4.2.1單細(xì)胞真菌

單細(xì)胞真菌以酵母菌為代表。一次提取反應(yīng)所需酵母菌的量需≤1×107個(gè),以 5×106-1× 107個(gè)為宜。您要做的項(xiàng)目要求送樣量較大時(shí),可以將樣品按上述數(shù)量要求分裝后單獨(dú)保存

1)顯微鏡下觀察酵母菌生長(zhǎng)狀態(tài),最好收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的酵母菌

2)將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2 mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1 min

3)棄盡培養(yǎng)基,將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍1-3 h以上(凍存時(shí)間視組織量而定,保證樣品凍存充分),然后轉(zhuǎn)移至-80 °C長(zhǎng)期保存

4)將樣品管置于管架上固定好后埋在干冰箱的中間部位,大體積干冰運(yùn)輸

4.4.2.2多細(xì)胞真菌(大型真菌)

1)取完整菌體,先用大量清水沖洗其表面雜質(zhì),再用純水清洗一遍,使用吸水紙吸干表面的水份后,用剪刀將組織分割為小塊,做好標(biāo)記(樣本名稱,日期,,體 積)放液氮里速凍,干冰寄送

2)菌絲:將無菌棉簽輕輕觸碰菌落或菌斑的中心部分,避免碰到邊緣或其他細(xì)菌來源。然后,將棉簽迅速劃過培養(yǎng)基表面,以收集菌絲轉(zhuǎn)移至將2 mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1 min。(可根據(jù)樣品量收集多管或使用15mL螺旋管收集)

4.5水產(chǎn)類

水產(chǎn)類包括淡水魚類、海水魚類、貝類、藻類。送樣需要選擇新鮮采集的樣本

1)優(yōu)先選用新鮮采集的樣品送樣,稀有樣本可酌情選取凍存組織。采集樣品時(shí)應(yīng)選取核酸含量較多的部位

2)取得活體組織后,用清水清洗,以去除污物,吸干表面液體

3)活體取材后用預(yù)冷的0.9%生理鹽水進(jìn)行清洗,去除血漬和污物

4)將樣品分割成50 mg左右的小塊(約黃豆大?。?,樣品分割和處理時(shí)應(yīng)盡量在冰上進(jìn)行,防止樣品降解。避免裝樣太滿以至凍裂,造成樣品污染

注:水產(chǎn)類樣品需盡量保證為新鮮個(gè)體。盡量避免寄送保存時(shí)間較長(zhǎng)或經(jīng)過反復(fù)凍融的組織樣品。針對(duì)軟體動(dòng)物可先使用75%的乙醇進(jìn)行漂洗,漂洗干凈后液氮冷凍,干冰運(yùn)輸;針對(duì)刺胞動(dòng)物,可去除頭部和腸道等部位,保留肌肉外壁用于提取

4.6細(xì)胞

4.6.1貼壁細(xì)胞

4.6.1.1液氮速凍法

1)確定細(xì)胞生長(zhǎng)狀態(tài)良好;離心得到細(xì)胞沉淀(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)

2)棄去培養(yǎng)基,加入 1 mlLPBS(RNase free,室溫),輕輕將細(xì)胞沉淀懸起, 轉(zhuǎn)移至 2 mL 旋蓋尖底離心管(RNase free)中

3)離心(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)得到細(xì)胞沉淀,棄去PBS,液氮速凍2h之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送

4.6.1.2TRIzol裂解法

1)離心收集的細(xì)胞迅速溶于 TRIzol 裂解,每 5 X 10^6個(gè)細(xì)胞加 1 mL TRIzol

2)細(xì)胞溶于 TRIzol 后,如出現(xiàn)成團(tuán),需用吸頭將細(xì)胞團(tuán)吹打散,或者激烈震蕩混勻,使細(xì)胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解

3)室溫靜置5min,之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送

4.6.2懸浮細(xì)胞

4.6.2.1液氮速凍法

1)確定細(xì)胞生長(zhǎng)狀態(tài)良好;離心得到細(xì)胞沉淀(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)

2)棄去培養(yǎng)基,加入 1 mlLPBS(RNase free,室溫),輕輕將細(xì)胞沉淀懸起, 轉(zhuǎn)移至 2 mL 旋蓋尖底離心管(RNase free)中

3)離心(依據(jù)客戶實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞離心步驟,注意細(xì)胞離心要適度,不要使細(xì)胞離心過實(shí)而造成裂解液不能充分滲透,4度離心機(jī),轉(zhuǎn)速800g為宜)得到細(xì)胞沉淀,棄去PBS,液氮速凍2h之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送

4.6.2.2TRIzol裂解法

1)離心收集的細(xì)胞迅速溶于 TRIzol 裂解,每 5 X 10^6個(gè)細(xì)胞加 1 mL TRIzol

2)細(xì)胞溶于 TRIzol 后,如出現(xiàn)成團(tuán),需用吸頭將細(xì)胞團(tuán)吹打散,或者激烈震蕩混勻,使細(xì)胞完全溶于 TRIzol 中充分裂解

3)室溫靜置5min,之后轉(zhuǎn)移至-80℃低溫保存,送樣時(shí)選擇干冰運(yùn)輸寄送

5、注意事項(xiàng)

核酸提取質(zhì)量與物種及組織部位、采集方法及保存狀態(tài)、提取方法及操作、實(shí)驗(yàn)器材及環(huán)境等因素均有密不可分的聯(lián)系,尤其是三代超長(zhǎng)提取對(duì)樣本的質(zhì)量、總量要求更高,望知悉及理解,并做好樣本備份。為了保障獲得高質(zhì)量的核酸,請(qǐng)務(wù)必按照送樣手冊(cè)所規(guī)定的準(zhǔn)備樣本。對(duì)珍貴樣本或者微量樣本,建議自行提取。

1)組織速凍時(shí)間:組織離體后,胞內(nèi)核酸便開始降解,尤其是 RNA,故采集時(shí),目的組織離體后,需立即速凍,建議 3min 內(nèi)完成,越快越好。速凍時(shí)間過短會(huì)導(dǎo)致速凍不徹底,核酸有降解風(fēng)險(xiǎn)

2)組織送樣量:建議送樣量適用于 95%的物種組織,少部分組織因胞內(nèi)核酸量較低,需適當(dāng)增加送樣量,比如動(dòng)物皮膚、毛發(fā)等。請(qǐng)嚴(yán)格按照上方組織送樣量要求送樣,送樣量過少或過多均不利于提取實(shí)驗(yàn)。采樣量較少會(huì)導(dǎo)致提取的核酸總量、濃度不合格,采樣量過多反而會(huì)造成速凍不徹底、提取取樣困難、凍融降解等危險(xiǎn)

3)組織狀態(tài):不建議送組織狀態(tài)差或非生長(zhǎng)旺盛期樣品,核酸有一定幾率降解

4)組織保存管的選擇:所有組織樣品務(wù)必使用離心管或螺紋管保存,切勿直接裝入密封袋(低溫凍脆易破裂,導(dǎo)致樣品泄露,交叉污染)保存

5)組織樣品保存方法選擇:首選液氮速凍;沒有液氮條件的,可直接放入-80℃冰箱凍存。未使用液氮速凍或液氮速凍時(shí)間過短都有一定幾率導(dǎo)致核酸降解

6)組織送樣方式的選擇:干冰運(yùn)輸,且需要保證干冰的充足,冰袋和常溫送樣,有幾率導(dǎo)致核酸的降解。除RNA類樣品可使用RNAlater保存送樣,其余產(chǎn)品均建議送速凍組織,不建議使用保護(hù)液送樣,化開離心會(huì)有幾率導(dǎo)致核酸降解;不建議酒精送樣,固定不徹底,有一定幾率殘留核酸酶,降解核酸

7)凍融組織: 組織凍存后,一旦凍融,核酸降解概率大于 80%,幾乎不可能提取成功,此類組織不建議送樣。請(qǐng)各位老師送樣前注意組織保存狀態(tài), 確保組織未發(fā)生過凍融情況

8)帶血組織:由于血液沒有專業(yè)的保護(hù)劑,去除不凈一起速凍送樣會(huì)影響組織的完整性

9)長(zhǎng)年保存的組織:保存時(shí)間超過一年的組織不建議送樣

10)組織分離要求:正常組織樣本中不能含有病變組織,而病變組織樣本中也不可以夾帶有正常組織,提取實(shí)驗(yàn)時(shí)無法精確取樣,無法稱重。組織量過多的不能全部取樣,只隨機(jī)選取適量組織提取

11)對(duì)于同一個(gè)組織樣品需要同時(shí)提取 DNA和 RNA 的,請(qǐng)務(wù)必分成兩管分批次送樣。樣本的特殊處理包括:鹽處理、溫度處理、藥物處理、病毒侵染、傷害處理、干旱處理等脅迫處理方式,不同程度的處理對(duì)樣本的核酸質(zhì)量會(huì)造成不同程度的影響,常見的會(huì)導(dǎo)致核酸 的降解或者得率降低。因此,經(jīng)過特殊處理的樣本,在送樣時(shí),務(wù)必請(qǐng)?jiān)跇颖拘畔沃羞M(jìn)行詳細(xì)的備注,以便盡量提高提取的成功率和避免樣本的浪費(fèi)

6、不合格樣品存在風(fēng)險(xiǎn)

6.1樣本總量不足、濃度過低存在風(fēng)險(xiǎn)

1)文庫(kù)構(gòu)建失敗

2)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足

3)導(dǎo)致數(shù)據(jù)隨機(jī)性異常

4)數(shù)據(jù)質(zhì)量差

6.2降解樣本風(fēng)險(xiǎn)

1)文庫(kù)構(gòu)建失敗

2)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足

3)導(dǎo)致數(shù)據(jù)隨機(jī)性異常

4)數(shù)據(jù)質(zhì)量差

5)導(dǎo)致數(shù)據(jù)duplication比例高、隨機(jī)性差

6)導(dǎo)致Small RNA rRNA比例高,影響有效數(shù)據(jù),文庫(kù)片段異常

6.3蛋白或其他雜質(zhì)污染

1)可能影響Small RNA電泳分離,造成切膠不準(zhǔn),影響問題質(zhì)量

2)可能影響RNA-seq磁珠分離導(dǎo)致建庫(kù)失敗,或即使達(dá)到上機(jī)要求也可能導(dǎo)致文庫(kù)隨機(jī)性差等問題

3)文庫(kù)構(gòu)建失敗

4)文庫(kù)產(chǎn)量低不能上機(jī)測(cè)序或測(cè)序數(shù)據(jù)量不足

6.4目標(biāo)RNA含量低

1)總RNA達(dá)到要求,但由于樣本特異性,small RNA含量低于正常樣本,導(dǎo)致建庫(kù)失敗

2)總RNA達(dá)到要求,但由于處理或組織部位的特異性,mRNA降解或含量低,導(dǎo)致建庫(kù)失敗或者測(cè)序數(shù)據(jù)中rRNA 數(shù)據(jù)比例高

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