1、從基因水平來開展對某（些）物種的研究是最直接、最有效、最易操作的途徑，而通過轉(zhuǎn)錄組測序是獲得基因的最為成熟的手段；
2、對于不同物種，尤其是無參考基因組或參考基因組不完善的同一科屬內(nèi)不同種的進(jìn)化地位的確定，可通過直系同源基因來實(shí)現(xiàn)；
3、對于基因組很復(fù)雜，或者同一科屬內(nèi)物種差別大，無法通過重測序進(jìn)行分析；
4、無需構(gòu)建群體，研究對象為單獨(dú)的物種。