- 保證選取的樣本具有足夠的代表性；
- 樣本中不能有明顯的亞群分化（例如生殖隔離等），因為明顯分化的群體會使得遺傳背景的噪音較大；
- 建議選擇幾個比較重要且遺傳力較高的表型性狀作為研究的重點；
- 質(zhì)量性狀盡量為0、1二值性狀，并且兩類性狀的樣本數(shù)應(yīng)當(dāng)盡量相近；
- 數(shù)量性狀盡量√準量化記錄（如抗病性可以量化為發(fā)病率、死亡率、存活率、病斑數(shù)、病斑面積等，而不是簡單的多級衡量），并使表型總體呈近似正態(tài)分布；
- 栽培植物可以進行多年多點多重復(fù)記錄，多年多點的觀測結(jié)果可以分別進行關(guān)聯(lián)分析，多重復(fù)可以取平均值進行關(guān)聯(lián)分析；
- 表型變異豐富、性狀有明顯的主效位點控制時樣本量可以適當(dāng)減小，推薦200個以上；表型差異較小，多基因控制時樣本量應(yīng)當(dāng)增大，推薦500個以上。
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