1、從基因水平來(lái)開(kāi)展對(duì)某（些）物種的研究是最直接、最有效、最易操作的途徑，而通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是獲得基因的最為成熟的手段；
2、對(duì)于不同物種，尤其是無(wú)參考基因組或參考基因組不完善的同一科屬內(nèi)不同種的進(jìn)化地位的確定，可通過(guò)直系同源基因來(lái)實(shí)現(xiàn)；
3、對(duì)于基因組很復(fù)雜，或者同一科屬內(nèi)物種差別大，無(wú)法通過(guò)重測(cè)序進(jìn)行分析；
4、無(wú)需構(gòu)建群體，研究對(duì)象為單獨(dú)的物種。