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ONT RNA 甲基化

無需與特異性抗體結(jié)合，得到RNA上的甲基化修飾。

產(chǎn)品介紹

mRNA最常見的內(nèi)部修飾包括N6-腺苷酸甲基化（m6A）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）、胞嘧啶羥基化（m5C）等。RNA甲基化修飾6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修飾，是mRNA上最豐富的甲基化修飾， 占到RNA甲基化修飾的80%。 RNA上不同修飾的堿基在通過Nanopore納米孔通道時造成的阻礙大小不同，產(chǎn)生具有特征的電流信號。通過對這些信號進行實時監(jiān)測，則可獲取相應(yīng)的堿基類型，及其是否攜帶堿基修飾！也就是說Nanopore測序可以無需與特異性抗體結(jié)合，得到單堿基分辨率下RNA上的甲基化修飾。

實驗流程

分析流程

產(chǎn)品優(yōu)勢

長讀長

理論上Nanopore技術(shù)的測序平均讀長能夠達到幾十到上百 Kb，最長讀長能達到2 Mb以上級別；

無需打斷

利于全長轉(zhuǎn)錄本定量及可變剪切檢測等；

低成本

相比其他三代測序技術(shù)，ONT測序樣本處理極其簡單，無需DNA聚合酶、連接酶和dNTPs，測序價格低；

不進行PCR擴增

避免二代測序中PCR擴增可能引入的錯誤；

檢測能力

可直接跨越串聯(lián)重復序列、高GC/AT序列、高度多態(tài)性區(qū)域、高度同源區(qū)域等特殊區(qū)域，檢測能力大大優(yōu)于二代測序；

可直接讀取堿基修飾信息

如甲基化修飾m5C、m6A等，無須像二代測序需要經(jīng)過重硫酸鹽轉(zhuǎn)化或者免疫沉淀富集實驗。

產(chǎn)品應(yīng)用

基因結(jié)構(gòu)研究

包括可變剪接、APA、融合基因、SSR、CDS預(yù)測、TSS/TES鑒定等

基因功能研究

側(cè)重于解決攜帶特定功能的組織，以期揭示導致不同功能的主要原因

全長轉(zhuǎn)錄本定量研究

無需結(jié)合二代轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，即可實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄本水平的定量從而找到全面有效的差異轉(zhuǎn)錄本，鑒定功能基因

等位基因特異性表達分析

等位基因表達非均等，基因組信息相同而表型不同樣本之間可能發(fā)生了單等位基因隨機表達，等位基因特異表達是癌癥重要特征之一。

RNA甲基化

基于RNA樣本不擴增直接全長轉(zhuǎn)錄組測序，可以檢測RNA水平的堿基修飾，如m6A

方案思路設(shè)計

研究RNA甲基化修飾過程中的參與者分子在疾病或某一生命過程中的功能。

揭示疾病或者某一生命過程中RNA甲基化修飾的變化，即揭示疾病特異性m6A RNA甲基化圖譜。

揭示疾病或者某一生命過程中特定RNA甲基化修飾與疾病的關(guān)系。

鑒定參與RNA甲基化修飾的新分子，或者建立研究RNA甲基化修飾的新方法。

結(jié)果展示

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?轉(zhuǎn)錄本甲基化水平的小提琴圖

繪制所有樣品檢測到的不同位點的甲基化水平分布，橫坐標為樣品，縱坐標為甲基化水平，不同顏色代表不同樣品

甲基化水平相關(guān)性

對所有樣品檢測到的位點甲基化水平進行相關(guān)性分析，可反映不同樣品之間甲基化水平的相關(guān)性強弱。

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差異甲基化位點統(tǒng)計

對不同差異分組的差異甲基化位點Differential methylation loci，DML）進行分析，并指出高甲基化/低甲基化的DML數(shù)目。

差異甲基化位點聚類

對篩選出的差異甲基化位點進行聚類分析

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文章資訊

常見問題

什么是甲基化水平甲基化

這里轉(zhuǎn)錄本的甲基化水平定義為該轉(zhuǎn)錄本上所有位點的甲基化水平的均值。

RNA的修飾過程中有哪些分子參與？

a、Writers：將甲基化修飾“寫入”RNA，即介導RNA的甲基化修飾過程。最常見的分子是METTL3和METTL14，兩者可在體外和體內(nèi)催化mRNA（和其他細胞核RNA）的m6A甲基化。WTAP是這種甲基轉(zhuǎn)移酶復合體中的另一個關(guān)鍵組分。

b、Erasers：將RNA甲基化修飾信號“擦除”，即介導RNA的去甲基化修飾過程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA（和其他細胞核RNA）上的m6A甲基化。

c、Readers：“讀取”RNA甲基化修飾的信息，并參與下游RNA的翻譯、降解等過程。比如具有YTHDF結(jié)構(gòu)域的蛋白能夠識別并結(jié)合mRNA中的m6A，而這種結(jié)合會減少mRNA的半衰期促使其降解。